Actualmente es Director pedagógico de la Escuela Superior de Guitarra Española con sede en Alcalá de Henares y ofrece habitualmente Cursos de Guitarra tanto en España como en el extranjero. Desde 1998, es el director del Curso Internacional de Guitarra "Memorial José Luis González", celebrado anualmente en la ciudad navarra de Estella, y es el fundador y director del que tiene lugar desde 1999 en Vilafamés (Castellón). Desde 1996, Manuel Babiloni dirige un Curso Intensivo de Guitarra que se celebra trimestralmente en la Escuela de Música Tres per Quatre de Castellón.
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